Управление Московской финансово-промышленной академией осуществляют Совет президента Академии, Ученый совет и ректорат.
Совет президента Академии отвечает за проведение экспертных, аналитических, координационных и иных работ, связанных с исполнением решений учредителей Академии, формированием стратегий, развитием академической и научной деятельности Академии. Деятельность ректората направлена на решение вопросов стратегического и оперативного управления, функционирования и развития вуза. В полномочия Ученого совета входят разработка, согласование и утверждение стратегии развития академической учебно-методической и научной работы Академии.
В состав Академии входит 7 факультетов, работает 55 кафедр. На них преподают более 600 авторитетных специалистов в области экономики и эконометрики, предпринимательской деятельности, менеджмента, страхования, юриспруденции и других наук.